Większość odmian pomidorów karłowych, średnio i wysoko rosnących obok pędu głównego wytwarza w kątach liści sporo pędów bocznych. Są to pędy, które mogą zawiązywać owoce. Problemem jest jednak to, że im więcej roślina wytworzy pędów, tym słabiej i później będzie owocowała, a same owoce będą mniejsze, w tym mogą być mniej smaczne. Należy bowiem pamiętać o tym, że całą roślinę karmi tylko jeden system korzeniowy, który ma ograniczone rozmiary oraz swoją wydolność.
Im bardziej rozrośnie się część nadziemna rośliny (wegetatywna), tym więcej pokarmu i wody potrzebuje cały krzak pomidora. Gdy dojdzie do zawiązania się owoców (część generatywna) to te zapotrzebowanie jeszcze bardziej wzrasta celem wydania nasion. Im zatem więcej pędów owoconośnych, tym więcej do wykarmienia, a zasoby wody i pokarmu w glebie oraz wydajność korzeni są ograniczone. Do tego jeszcze dochodzi kolejny czynnik jakim jest silne zacienianie owoców przez nadmiernie rozwinięte liście na pędach bocznych. Duża masa pędów i liści to znaczny ciężar, zatem trudno jest roślinę utrzymać na podporach, w tym poszczególne pędy mogą się samoczynnie łamać w miarę powiększania owoców. Rozrośnięty krzak z przeplatającymi się pędami bocznymi (może być ich kilka, kilkanaście na roślinie) to także utrudniony przepływ powietrza i dostęp światła co sprzyja rozwojowi grzybów chorobotwórczych, zwłaszcza zarazy ziemniaka na pomidorze.
Celem uzyskania dobrego plonu owoców pomidora i poprawy ich wyglądu oraz walorów smakowych, w tym utrzymania zdrowotności krzaka, u odmian silnie rosnących z tendencją do wybijania dużej liczby pędów bocznych dokonuje się ich usuwania. Dotyczy to głównie odmian uprawianych pod osłonami lub odmian dedykowanych do szklarni, ale uprawianych w gruncie. Pomidory stricte gruntowe renomowanych odmian uprawiane na skalę towarową zwykle nie potrzebują takiego zabiegu, gdyż ich rozmiary są niewielkie. Jeżeli są to odmiany do uprawy amatorskiej to taki zabieg może być potrzebny. Podobnie jest w przypadku pomidorów koktajlowych miniaturek (tzw. odmiany balkonowe, typ cherry) – tu zwykle nic nie trzeba robić. U pomidorów koktajlowych średnio i wysoko rosnących już jednak warto usuwać nadmierną liczbę pędów bocznych. U odmian pomidorów samokończących nie dokonuje się wycinania pędów bocznych, gdyż ich rozwój jest „zaprogramowany” i kończy się na określonym etapie po związaniu kwiatostanów i wówczas tylko dojrzewają owoce i nie idą one w pędy.
Zwykle pomidory prowadzi się na jeden pęd główny a wszystkie boczne się usuwa ręcznie lub sekatorem zaraz jak się zaczną ukazywać w kątach liści. Można je prowadzić także na dwa lub trzy pędy i to jest takie maksimum, które gwarantuje jeszcze zadowalający plon. W przypadku uprawy na dwa pędy należy pozostawić pęd główny oraz pęd, który wyrasta pod pierwszym kwiatostanem. Rzadko prowadzi się pomidory na trzy pędy, lecz gdy się to robi, to ten trzeci pęd powinien wyrastać z najniższego międzywęźla na pędzie głównym. Ponieważ każde wyłamywanie pędów bocznych jest ingerencją w ciągłość tkanek rośliny i może być to miejsce wnikania patogenów, to zawsze po tym zabiegu polecamy prewencyjny zabieg środkiem o działaniu grzybobójczym i nie musi to być chemia, jeżeli rośliny są zdrowe. Mogą to być choćby preparaty własnej roboty oparte na drożdżach piekarskich, wyciągach z różnych roślin np. grejpfruta itp. Ponadto sekator warto zamaczać w wodzie z dodatkiem np. denaturatu aby ograniczyć przenoszenie patogenów z rośliny na roślinę.